NieR: Automata Ver1.1a sendiri mengisahkan tentang umat manusia yang telah diusir dari Bumi oleh makhluk mekanis dari dunia lain.
Dalam upaya terakhir untuk mengambil kembali planet ini, perlawanan manusia mengirimkan kekuatan tentara android untuk menghancurkan penjajah.
Sekarang, perang antara mesin dan android berkecamuk... Perang yang akan segera mengungkap kebenaran dunia yang telah lama terlupakan.
Di episode sebelumnya, perwakilan dari perlawanan memperkenalkan 2B dan 9S ke kamp mereka.
Di kamp tersebut 2B dan 9S bertemu dengan dealer dari senjata dan peralatan bernama, Lily
Lily juga memperkenalkan dirinya sebagai pemimpin dari Perlawanan.
Sementara di area kamp, 2B dan 9S bertemu dengan Jackass yang merupakan anggota dari Perlawanannya lainnya.
Jackass bertanya pada 2B dan 9s apakah dia dapat mengutak-atik mereka, tetapi mereka menolak untuk mengutak-atiknya.