Serial ini mengikuti perjalanan Yoh Asakura menjadi Shaman King pada tahun 2000.
Namun tokoh utama dalam serial ini bukanlah Yoh Asakura lagi, melainkan anaknya, Hana Asakura.
Hana merupakan anak pasangan Shaman yang dulu bertanding dengan shaman-shaman lainnya untuk mendapatkan gelar Shaman King, Yoh Asakura dan Anna.
Sama seperti orang tuanya, Hana juga memiliki kekuatan seorang shaman. Ia bahkan diberikan roh penjaga ayahnya ; Amidamaru sebagai roh penjaga.
Tetapi berbeda dengan sifat ayahnya yang tenang, Hana tumbuh menjadi bocal tengil yang brutal.
Semua itu berubah ketika anggota cabang Asakura Family datang untuk menantang dan membunuh Hana dan ayahnya Yoh untuk menggantikan mereka sebagai rumah utama.
Setelah mengetahui hal itu, Hana mulai belajar tentang keluarga Asakura dengan dibantu oleh pamannya yang merupakan seorang Shaman King, Yohkyo.
Saat Hana mulai mencari jati dirinya, dia mengetahui tentang "Flower of Maze" yang akan datang, yang merupakan pertarungan proksi di antara sesama Shaman King.
Di episode sebelumnya, diperlihatkan bagaimana Hana yang murung di bukit kuburan yang dipenuhi dengan kenangan kelam dan rahasia tersembunyi.