Quraisy Shihab kemudian melanjutkan ke tingkat magister di fakultas yang sama dan meraih Gelar MA pada tahun 1969 untuk spesialisasi bidang Tafsir al-Qur’an dengan tesis berjudul Al-I’jaz at-Tasyri’i li al-Qur’an al-Karim.
Setelah itu kemudian melanjutkan jenjang doktoralnya pada tahun 1980, 2 tahun berselang Quraish lulus dengan disertasinya Nazhm ad-Durar li al-Biqa’iy, Tahqiq wa Dirasah.
Pada 2004, Quraish mulai mengembangkan gerakan “Membumikan Al-Qur’an” yang diterjemahkan melalui lembaga yang didirikannya dengan nama “Pusat Studi Al-Qur’an” (PSQ).
PSQ menjadi kepanjangan tangan dan ide dari Quraish untuk mensosialisasikan dan mendakwahkan pemahaman Islam yang moderat dan toleran.
Program tersebut dilahirkan juga melalui banyak program, seperti Pendidikan Kader Mufassir sebagai media untuk mencetak generasi penerus yang akan menyampaikan pesan Al-Qur’an secara tepat.
Quraish Shihab merupakan Menteri Agama ke-16 yang menjabat pada era Soeharto yang menjabat pada 14 Maret hingga 14 Mei 1998.
Selain itu, Quraish Shihab juga pernah menjabat sebagai Rektor UIN Syarif Hidayatullah ke-8 pada tahun 1992 hingga 1998.
Ia juga tercatat sebagai rektor pada kedua perguruan tinggi tersebut: UMI 1959-1965 dan IAIN 1972–1977.
Beliau menikah dengan Fatmawati Assegaf pada tahun 1995 dan memiliki 5 orang anak, Najeela Shihab, Najwa Shihab, Nasywa Shihab, Ahmad Reza Abidin Shihab, dan Nahla Syhihab.