Ia juga pernah mendapat penugasan di Selandia Baru (1983 dan 1987), Singapura dan Jepang (1991), Irak-Kuwait (1992), Amerika Serikat, dan Kanada.
Pada 15 Januari 2014, Moeldoko meraih gelar doktor Program Pascasarjana Ilmu Administrasi FISIP Universitas Indonesia, dengan disertasinya berjudul "Kebijakan dan Scenario Planning Pengelolaan Kawasan Perbatasan di Indonesia (Studi Kasus Perbatasan Darat di Kalimantan)".
Baca Juga: Bela Jokowi, Ruhut Sitompul Puji Kader Demokrat Kubu Moeldoko, Syahrial Nasution: Kodok Pun Tertawa
Ia lulus dan mendapatkan gelar tersebut dengan predikat sangat memuaskan.
Moeldoko yang dilahirkan di Desa Pesing, Kecamatan Purwoasri, Kediri ini merupakan putra bungsu dari 12 bersaudara pasangan Moestaman dan Masfu'ah.
Saudara-saudaranya adalah Moesadi, Muhammad Sujak, Poerwono, Suyono, Sugeng Hariyono, Supiyani, dan Siti Rahayu.
Ia menikah dengan Koesni Harningsih dan memiliki 2 anak, yaitu: Randy Bimantara dan Joanina Rachmaa.
Semasa masih aktif menjabat Panglima TNI, Moeldoko mendirikan masjid megah, Masjid Dr. H. Moeldoko.
Masjid yang berada dalam kompleks Islamic Center itu berlokasi di perbatasan kota Jombang dan Kediri.
Masjid ini diresmikan pada 1 Juni 2016, lebih cepat dari peresmian Islamic Centre Dr. H. Moeldoko yang baru diresmikan pada 6 Juni 2016.