Pada awalnya, Arifin menjalin hubungan dengan berbagai tokoh politik, baik tokoh masyarakat yang sudah lama dikenal maupun tokoh yang baru muncul.
Saat deklarasi partai baru dilangsungkan, Arifin kerap menghadirinya. Bersama Sudirman Said (kini Menteri ESDM), sempat pula ia mencoba menginisiasi gerakan untuk memunculkan Cendekiawan Muslim (alm), Nurcholish Madjid untuk menjadi presiden.
Arifin Panigoro kemudian bergabung dengan Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan pada tahun 1999 untuk daerah pemilihan Kabupaten Tangerang dan terpilih sebagai anggota DPR.
Ia juga sempat terpilih menjadi Ketua DPP dan Ketua Fraksi PDIP pada tahun 2002-2003.
Kemudian, ia terpilih lagi di DPR RI di dapil Banten 1 yang saat itu meliputi Kabupaten Lebak, Pandeglang, Serang, dan Kota Cilegon.
Akan tetapi, ia mengundurkan diri dari DPR dan PDIP pada tahun 2005 dan membentuk Partai Demokrasi Pembaruan (PDP) bersama rekan-rekannya yang tergabung dalam Gerakan Pembaharuan PDIP.
Keluarga besar Panigoro berasal dari Gorontalo, sebuah provinsi di bagian utara pulau Sulawesi.
Panigoro itu sendiri merupakan salah satu Marga Gorontalo asli yang tercatat telah digunakan sejak lama di Gorontalo.
Jusuf Panigoro yang beretnis Gorontalo (Ayah dari Arifin Panigoro) kemudian memutuskan untuk merantau ke Bandung untuk berdagang kopiah.
Dari usaha kopiah, bisnis keluarga Panigoro semakin sukses dan terus berkembang, mulai dari agen penjualan barang elektronik Phillips hingga produk tekstil Ratatex.