Network
Pada Juli 2013, ia memenangkan gelar internasional senior pertamanya pada usia 15 tahun di Indonesia International Challenge, setelah mengalahkan Alamsyah Yunus di final dengan skor 21-17, 21-10.
Pada tahun 2014, di turnamen Indonesia International Challenge, ia juga mencapai final namun kalah dari pemain veteran Korea Selatan Lee Hyun-il dalam pertandingan 5 set, 10-11, 11-9, 11-5, 8-11, 3-11.
Pada tahun 2013 dan 2014, Jonatan bersama Anthony Sinisuka Ginting dan Ihsan Maulana Mustofa merupakan andalan Indonesia di ajang Kejuaraan Dunia Junior BWF dan Kejuaraan Asia Junior BWF.
Selama mengikuti kejuaraan tersebut, Jonatan selalu kalah di perempatfinal dalam kejuaraan perorangan.
Pada tahun 2015 Jonatan semakin sering mengikuti turnamen-turnamen senior di level yang lebih tinggi seperti Grand Prix, Grand Prix Gold, Super Series dan Super Series Premiere.
Dia juga termasuk andalan Indonesia pada Sudirman Cup 2015, Sea Games 2015, Thomas Cup 2016, Sudirman Cup 2017 dan Sea Games 2017.
Pada Indonesia Open Superseries Premiere 2015 dia berhasil mengalahkan pemain veteran Korea, Lee Hyun Il di babak kedua meskipun akhirnya langkahnya terhenti di perempat final.
Setahun kemudian dia berhasil mengalahkan pemain terbaik sepanjang masa, Lin Dan di turnamen Indonesia Open Super Series Premiere 2016 dengan skor 21-12 21-12.
Dia berhasil meraih medali emas tunggal putra di Sea Game 2017 setelah mengalahkan Khosit Phetpradab dengan skor 21-19, 21-10.
