Membahas tentang karomahnya, ulama satu ini sudah tidak diragukan lagi, orang-orang Nusantara, khususnya Madura, semuanya mengakui bahwa beliau memiliki banyak karamah yang tidak dimiliki oleh ulama yang lain pada masanya.
Syaikhona Kholil dididik dengan sangat ketat oleh ayahnya. Mbah Kholil kecil memiliki keistimewaan yang haus akan ilmu, terutama ilmu Fiqh dan nahwu. Bahkan ia sudah hafal dengan baik 1002 bait nadzom Alfiyah Ibnu Malik sejak usia muda.
Setelah dididik, orang tua Mbah Kholil kecil kemudian mengirimnya ke berbagai pesantren untuk menimba ilmu.
Mengawali pengembaraannya, Mbah Kholil muda belajar kepada Kiai Muhammad Nur di Pondok Pesantren Langitan, Tuban, Jawa Timur.
Dari Langitan ia pindah ke Pondok Pesantren Cangaan, Bangil, Pasuruan. Kemudian ke Pondok Pesantren Keboncandi.
Selama belajar di Pondok Pesantren ini beliau belajar pula kepada Kiai Nur Hasan yang menetap di Pondok Pesantren Sidogiri, 7 kilometer dari Keboncandi.
Baca Juga: 6 Amalan yang Pahalanya Setara dengan Ibadah Haji, Sholat Fardhu Berjamaah di Masjid Salah Satunya
Di setiap perjalanannya dari Keboncandi ke Sidogiri, ia tak pernah lupa membaca Surat Yasin.
Makam Syaikhona Kholil di Bangkalan, kini menjadi tujuan ziarah umat Islam.
Selain berziarah ke Walisongo, para peziarah dari pelbagai wilayah di Nusantara selalu menyempatkan ziarah ke Makam Syaikhona Kholil di Bangkalan.*