Pada usia yang masih sangat belia, beliau telah mengkhatamkan Al-Quran beserta Qiro’ahnya dengan lisensi yang ketat dari sang ayah.
Ketika remaja, sang ayah menitipkan Gus Baha mondok dan berkhidmah kepada Syaikhina KH. Maimoen Zubair di Pondok Pesantren Al-Anwar Karangmangu, Sarang, Rembang, sekitar 10 km arah timur Narukan.
Di Al-Anwar inilah beliau terlihat sangat menonjol dalam fan-fan ilmu syari’at seperti Fiqih, Hadits dan Tafsir.
Dalam riwayat pendidikan beliau, semenjak kecil hingga mengasuh pesantren warisan ayahnya sekarang, Gus Baha hanya mengenyam pendidikan dari dua pesantren, yakni pesantren ayahnya sendiri di desa Narukan dan PP. Al Anwar Karangmangu.
Untuk memulai pengembaraan ilmiahnya, Gus Baha memilih Yogyakarta.
Baca Juga: Allah SWT akan Siksa Orang yang Suka Lakukan Hal ini, Gus Baha: Relawan yang Tidak Bersyukur
Pada tahun 2003 ia menyewa rumah di Yogya dengan diikuti oleh sejumlah santri yang ingin terus mengaji bersamanya.
Rumah sewaan tersebut letaknya tak jauh dari kediamannya.
Tahun 2005 ayahnya wafat sehingga ia harus kembali ke Kragan, namun pengajiannya di Yogyakarta tetap berlangsung sebulan sekali.
Gus Baha pernah ditawari gelar Doctor Honoris Causa dari UII, namun beliau tidak berkenan.