BW juga pernah menjadi ketua Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI). Dia juga termasuk Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (Kontras) dan Indonesian Corruption Watch (ICW).
Di KPK, BW menjabat sebagai Wakil Ketua KPK pada periode 2011-2015. Namun, menjelang akhir masa jabatannya, BW ditetapkan sebagai tersangka kasus pemberian kesaksian palsu dalam sidang di MK oleh Bareskrim Polri.
Penetapan tersangka BW tersebut sempat membuat hubungan KPK dan Polri kembali memanas. Seiring berjalan waktu, kasus BW dihentikan setelah Kejaksaan Agung melakukan deponering.***