Ustadz Yahya Waloni lahir di tengah-tengah keluarga Minahasa yang taat pada agama Kristen.
Ustad Yahya Waloni pernah menjabat sebagai Ketua atau Rektor Sekolah Tinggi Theologia (STT) Calvinis Ebenhaezer di Sorong tahun 1997-2004.
Dia pernah menetap di Sorong sejak tahun 1997 - 2004 karena pindah ke Balikpapan.
Ustadz Yahya Waloni pernah menjadi dosen di Universitas Balikpapan (Uniba) sampai tahun 2006.
Kemudian Pada 2006, Ustad Yahya Waloni pindah ke Kota Cengkeh, Tolitoli, lalu mendapatkan bimbingan dari Ketua Majelis Ulama Indonesia.
Lewat penuturan Ustad Yahya Waloni dalam beberapa ceramahnya, publik mengetahui kapan peristiwa ustad Yahya bersama keluarganya pindah islam.
Berdasarkan penuturannya, UStad Yahya bersama istri memeluk Islam secara sah pada Rabu, 11 Oktober 2006, Pukul 12.00 Wita melalui tuntutan Sekretaris Pimpinan Cabang Nahdlatul Ulama (NU) Tolitoli, Komarudin Sofa.
Setelah memeluk Islam, nama Yahya Yopi Waloni diganti menjadi Muhammad Yahya.
Nama istrinya Lusiana diganti menjadi Mutmainnah. Nama anak-anaknya pun ikut diganti, Silviana diganti menjadi Nur Hidayah, Sarah menjadi Siti Sarah, dan Zakaria tetap menggunakan nama tersebut.