Sementara Program yang sedang digalakkan adalah berantas buta al Qur’an (BBQ).
Sejak mahasiswa Kiyai Cholil Nafis telah dikenal sebagai aktivis mahasiswa.
Ia pernah menjabat sebagai Ketua Umum Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII) Cabang Jakarta Pusat (1997-1998).
Wakil Ketua Komite Nasional Pemuda Indonesia (KNPI) Dewan Pengurus Daerah Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta (2002-2005), Dewan Pimpinan Majelis Ulama Indonesia (MUI) Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta (2002-2005).
Sekretaris Lembaga Bahtsul Masail Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (LBM PBNU) (1999-2004) dan Sekretaris MUI Jakarta (2005-2010).
Selain itu, ia juga pernah menjadi Wakil Ketua LBM PBNU (2005-2015), Ketua Komisi Dakwah dan Pengembangan Masyarakat MUI Pusat (2015-2020) dan Anggota Dewan Syariah Nasional (DSN-MUI) (2015-2020) .
Sebagai Ketua Komisi Dakwah, Kiyai Cholil banyak memberikan pendapat tentang berbagai masalah kontemporer di Indonesia seperti soal dakwah di televisi, kasus penistaan agama.
Serta berbagai masalah keislaman lainnya seperti nasionalisme dalam Islam, BPJS Kesehatan sesuai syariah, membina para da’i yang dirasa kurang sesuai dengan akhlak sebaga pendakwah, dan lain sebagainya.
Saat menjabat sebagai Sekretaris Komisi Pengkajian dan Penelitian MUI Pusat, beliau juga menyampaikan pentingnya pendidikan seksualitas dalam upaya untuk memberikan penyadaran kepada generasi muda akan pentingnya kebersihan dan kehormatan diri.