Kemudian ia pindah ke Yogyakarta melanjutkan sekolah di SMP Muhammadiyah 4 dan selanjutnya tamat SMA Muhammadiyah 1.
Bersama dengan teman karibnya, Busyro Muqoddas. Usai SMA, Cak Nun diterima di Fakultas Ekonomi UGM.
Di kampus biru ini, ia bertahan hanya satu semester, atau tepatnya empat bulan saja. Sebenarnya ia juga diterima di Fakultas Filsafat UGM namun tidak mendaftar ulang.
Istrinya, Novia Kolopaking, dikenal sebagai seniman film, panggung, serta penyanyi.
Bersama Novia, ia dikaruniai empat anak, yaitu Ainayya Al-Fatihah (meninggal di dalam kandungan), Aqiela Fadia Haya, Jembar Tahta Aunillah, dan Anayallah Rampak Mayesha.
Sabrang Mowo Damar Panuluh adalah salah satu putranya yang kini tergabung dalam grup band Letto.***