Denjaka terdiri dari satu markas zedenk detasemen, satu tim markas, satu tim teknik dan tiga tim tempur.
Baca Juga: Waspada! Kini PNS Bolos 10 Hari Kerja Bisa Dipecat, Simak Surat Edaran Menpan RB No 16/2022
Sebagai unsur pelaksana, prajurit Denjaka dituntut memiliki kesiapan operasional mobilitas kecepatan, kerahasiaan dan pendadakan yang tertinggi serta medan operasi yang berupa kapal-kapal, instalasi lepas pantai dan daerah pantai.
Disamping itu juga memiliki keterampilan mendekati sasaran melalui laut, bawah laut dan vertikal dari udara.
Setiap prajurit Denjaka dibekali kursus penanggulangan antiteror aspek laut yang bermaterikan,
Taktik dan teknik anti-teror, dan anti-sabotase serta dasar-dasar spesialisasi Komando kelautan dan keparaan lanjutan
Pemeliharaan dan peningkatan kemampuan menembak, lari dan berenang, peningkatan kemampuan bela diri, penguasaan taktis dan teknik penetrasi rahasia, darat, laut dan udara.
Penguasaan taktik dan teknik untuk merebut dan menguasai instalasi di laut, kapal, pelabuhan/pangkalan dan personel yang disandera di objek vital di laut.
Penguasaan taktik dan teknik operasi klandestin aspek laut, pengetahuan tentang terorisme dan sabotase.
Penjinakan bahan peledak, dan peningkatan kemampuan survival, pelolosan diri, pengendapan, dan ketahanan interogasi.