Ada sekitar 5 atau 7 santri alumni Al Anwar maupun MGS yang ikut beliau ke Yogya saat itu.
Di Yogya inilah kemudian banyak masyarakat sekitar yang akhirnya minta ikut mengaji kepada beliau.
Pada tahun 2005 KH. Nursalim jatuh sakit. Beliau pulang sementara waktu untuk ikut merawat sang ayah bersama keempat saudaranya.
Namun siapa sangka, beberapa bulan kemudian Kiai Nursalim wafat. Gus Baha’ tidak dapat lagi meneruskan perjuangannya di Yogya sebab diamanati oleh ayahnya untuk melanjutkan tongkat estafet kepengasuhan di LP3IA Narukan.
Banyak yang merasa kehilangan atas kepulangan beliau ke Narukan. Para santri sowan dan meminta beliau kerso kembali ke Yogya. Beliau pun bersedia namun hanya satu bulan sekali, dan itu berjalan hingga kini.
Selain mengasuh pengajian, beliau juga mengabdikan dirinya di Lembaga Tafsir Al-Qur’an Universitas Islam Indonesia (UII) Yogyakarta.
Beliau juga diminta untuk mengasuh Pengajian tafsir al-Qur’an di Bojonegoro, Jawa Timur.
Di Yogya mendapat gilirang minggu terakhir, sedangkan di Bojonegoro minggu kedua setiap bulannya. Hal tersebut dijalani secara rutin sejak 2006 hingga kini.
Beliau adalah Ketua Tim Lajnah Mushaf UII. Timnya terdiri dari para Profesor, Doktor, dan ahli-ahli al-Qur’an seantero Indonesia seperti Prof. Dr. Quraisy Syihab, Prof. Zaini Dahlan, Prof. Shohib dan para anggota Dewan Tafsir Nasional lain.
Ketika ditawari gelar Doctor Honoris Causa dari UII, beliau tidak berkenan. Dalam jagat Tafsir al-Qur’an di Indonesia, beliau termasuk pendatang baru dan satu-satunya dari jajaran Dewan Tafsir Nasional yang berlatar belakang pendidikan non formal dan non gelar.